Wer eine Systemdatei mit dem Gnome-Editor bearbeiten will, muss "admin:///" vor den Dateinamen stellen. Der Paketmanager Synaptic läuft im Wayland-Betrieb nur mit Benutzerrechten. Außerdem funktionieren gängige Screenshot-, Screencast- und Remote-Desktop-Programme nicht. Probleme gibt es auch mit einer Reihe anderer Anwendungen.